La tercera temporada de Gotham desvelará lo que hay tras la cortina de la infame organización criminal conocida como la Corte de los Búhos. Con los fugados de de Indian Hill a la huida, James Gordon (Ben McKenzie) debe tomar cartas en el asunto y convertirse en un cazarrecompensas en Gotham. Él convierte en su misión encontrar a Hugo Strange (estrella invitada Bd Wong), la mente maestra tras los horribles experimentos de Indian Hill, y Fish Mooney (estrella invitada Jada Pinkett Smith), uno de los especímenes de Strange. Mientras tanto, el Detective del DPGC Harvey Bullock (Donal Logue) y el Capitán Nathaniel Barnes (Michael Chiklis) permanecen al frente de la batalla contra el crimen en una ciudad controlada por los monstruos. Además, Bruce Wayne (David Mazouz), con la ayuda de su fiel mayordomo y mentor, Alfred Pennyworth (Sean Pertwee), y el ex-empleado de Wayne Enterprises, Lucius Fox (Chris Chalk), descubre que todavía quedan más secretos por desvelar sobre la muerte de sus padres.

Mientras la ciudad se hunde más profundamente en el caos, GOTHAM continuará siguiendo las historias evolutivas de los villanos más perversos de la ciudad: El Pingüino (Robin Lord Taylor); Edward Nygma / el futuro Acertijo (Cory Michael Smith); Selina Kyle / la futura Catwoman (Camren Bicondova); Barbara Kean (Erin Richards), Tabitha Galavan / Tigresa (Jessica Lucas) y Butch Gilzean (Drew Powell). La serie se pondrá al día además con la futura Hiedra Venenosa (Maggie Geha), quien, tras un encuentro con un monstruo de Indian Hill, se encuentra a sí misma renacida como una mujer joven que ha desarrollado el poder completo de sus encantos; y se meterá de lleno en la historia de orígenes de Jervis Tetch (Benedict Samuel), un talentoso hipnotista al borde de la locura; y los Hermanos Tweed.