En esta secuela de Batman Ninja, la Bat-familia regresa al presente y descubre que Japón ha desaparecido y que una isla gigante, Hinomoto, se alza sobre Gotham City. La isla está dominada por la Liga Yakuza, un grupo de supervillanos que gobierna sin honor ni humanidad y que guarda un parecido muy sospechoso con la Liga de la Justicia. ¡La salvación de Gotham depende de Batman y sus aliados!
