Yugi y sus amigos discuten acerca de su futuro al teminar la secundaria. Mientras tanto, Seto Kaiba ha encargado una excavación para recuperar el Rompecabezas del Milenio desensamblado de las ruinas de la cámara del Milenio para tener el duelo final con su rival Atem el Faraón. Todo se complica cuando Aigami, un nuevo compañero de clase aparece y parece ser más de lo que aparenta.